Os critérios de avaliação do Programa Bandeira Azul são similares para os +46 países participantes. São critérios básicos e que remetem ao cumprimento de legislação pré-existente de cada país. O país participante analisa os critérios internacionais e os adaptam à legislação e realidade local, podendo incluir critérios novos e mais rigorosos.
No Brasil os critérios foram debatidos no I Encontro Nacional do Programa Bandeira Azul e, após a fase piloto, seguindo a tendência internacional, os critérios são analisados e debatidos continuamente. O debate se dá no âmbito da FEE, Júri Nacional e Workshops Nacionais.