Os candidatos passam pela avaliação de um Júri Nacional e um Júri Internacional o que confere grande credibilidade aos candidatos aprovados pelo Programa.
O Júri Nacional Bandeira Azul é composto por representantes do Instituto Ambientes em Rede, Ministério do Turismo – MTur, Secretaria do Patrimônio da União vinculado ao Ministério da Gestão e da Inovação em Serviços Públicos – SPU, Ministério do Meio Ambiente e Mudanças do Clima – MMA, Agência Brasileira de Promoção Internacional do Turismo – EMBRATUR, Associação Brasileira de Entidades Estaduais de Meio Ambiente – ABEMA, Associação Nacional de Órgãos Municipais de Meio Ambiente – ANAMMA, Agência Brasileira de Gerenciamento Costeiro – Agência Costeira, Sociedade Brasileira de Salvamento Aquático – SOBRASA e Associação Náutica Brasileira – ACATMAR.